实验室始终坚持“交叉学科联合培养机制”和“国际化全域性培养机制”，自成立以来，依托古代DNA实验室开展考古学与生物学交叉人才培养，至今已联合培养研究生60余名。积极探索与美国哥伦比亚大学、得克萨斯农工大学、加拿大多伦多大学、英属哥伦比亚大学、艾尔伯塔大学、英国伦敦大学学院、爱丁堡大学、杜伦大学、德国图宾根大学、丹麦哥本哈根大学、西班牙巴塞罗那大学、新西兰奥克兰大学、新加坡南洋理工大学、德国马克斯·普朗克协会等世界顶尖高校及科研机构建立长期稳定的联合培养机制，形成了国际全域性培养模式。经过20多年的积累，组建了一支具有交叉学科背景和国际化视野的高水平师资队伍，注重培养学生的国际视野、创新能力和交叉学科科研能力，形成了一套完备的交叉学科创新人才培养体系。

实验室为中国考古学界培养生物考古学领域高层次人才150余人，毕业生多数成为中国科学院、中国社会科学院、中国国家博物馆、吉林大学、山东大学、四川大学、西北大学、中国人民大学、南京大学、复旦大学、中山大学、郑州大学、山西大学、河南大学、兰州大学、辽宁大学、上海大学等多所国内高校和科研院所的学术骨干，以及各个地方考古文博部门的业务中坚，占全国生物考古学领域研究人员的60%以上，为中国考古事业的繁荣发展和学科建设做出了突出贡献。