古DNA（Ancient DNA）研究的目的是从考古发现的人类、动物和植物遗骸中提取和分析DNA，用以研究考古问题。自20世纪80年代首次开展生物考古研究以来，该领域已经取得了稳步的进展，现已成为生物考古学不可或缺的研究方法。古DNA研究主要面临样本材料数量少、完整性差，其中含有的DNA分子由于存在时间久远等客观因素，极易发生降解、损坏和污染等问题。近年来，随着高通量测序和DNA捕获技术的成熟，古DNA研究的深度和广度不断延伸，目前古DNA研究时限已经扩展到百万年。

古DNA研究对解决古代遗存的物种鉴定、种群研究、家族研究和性别鉴定等问题提供了精确详实的信息，在结合其他考古学证据后，古DNA研究将在人类起源、农业起源、文明起源等考古学重大理论基础和前沿问题上发挥更大作用。

在多学科合作方面，古DNA与人类骨骼考古学、动物考古学和环境考古学合作密切，制定有效的跨学科研究战略，以求更好的阐释古DNA分析结果，并结合考古学背景开启早期文明的大门。